NAGRODA JAKOŚCI NAUCZANIA przyznawana jest przez Komisję Główną, w skład której wchodzą przedstawiciele: Marszałka Województwa Małopolskiego, Kolegium Rektorów Szkół Wyższych Miasta Krakowa, Polskiej Akademii Umiejętności, Małopolskiego Kuratora Oświaty, Dyrektora Małopolskiego Centrum Przedsiębiorczości oraz Prezes Zarządu SAPERE AUSO – Małopolskiej Fundacji Stypendialnej.
Beneficjentami Nagrody są placówki oświatowe, prowadzące działalność na terenie Województwa Małopolskiego, a wyróżniona placówka otrzymuje ją za szczególne osiągnięcia dydaktyczne, wychowawcze i naukowe w pracy z młodzieżą.